David et Tess sont séparés mais font tout pour tenter de préserver l'équilibre de leur fils Léo. Suite à une nuit agitée, David est contraint par son patron d'aller récupérer un mystérieux colis venu de l'autre bout du monde. Il va vite se rendre compte que ce "paquet" attire toutes les convoitises et contient en fait un petit animal très rare qui va s'employer à mettre la zizanie dans l'expédition.

Robert Verne, médecin à tendances humaniste, est mandaté par l'agence de protection de l'environnement de Washington pour enquêter sur une histoire de pollution dans le Maine. Celle-ci causerait de violents troubles entre les indiens natifs de la région et les dirigeants d'une usine de papier déversant leurs déchets dans la rivière. Celui-ci va découvrir que l'horreur ne se résume pas à la présence de ces abus mais qu'ils ont engendré quelque chose de bien plus terrible...

Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.