Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Alex West est le dernier survivant d'une incroyable expédition spatiale. Exposé par accident à des émanations provenant des anneaux de saturne, il semble souffrir d'un bien étrange mal: il se décompose littéralement, se liquéfie. Le seul moyen pour lui de survivre étant de se nourrir de tissus sains. Alex finit par s'échapper et devient un véritable cannibale sanguinaire, attaquant tout ce qui bouge. Le docteur Wilson, chargé de son dossier se lance alors dans une terrible course contre la montre pour retrouver le monstre avant qu'il ne soit trop tard...

Kate et son équipe sont sur le point de tester une technologie qu'ils ont inventé pour neutraliser une tornade. Malheureusement, le test grandeur nature se solde par une véritable tragédie. 5 ans plus tard, Kate est de nouveau sollicitée pour participer à un programme de collecte de données 3D afin de lutter contre les tornades. Elle finit par accepter et va se retrouver de nouveau face à ses peurs...