Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Le Docteur Pretorius et son assistant Crawford Tillingast sont des chercheurs spécialisés dans le paranormal. Ils mettent au point un appareil censé stimuler la glande pinéale située dans le cerveau humain. Lors de la première mise en route du "résonateur", d'étranges créatures vont apparaître et attaquer les deux scientifiques...

Une météorite s'écrase à proximité d'une petite ville Américaine et attire l'attention d'un clochard. Lorsqu'il s'approche d'elle et tente de la toucher, il se fait avaler le bras par une masse informe qui s'en est échapée. Cette monstruosité traque tout ceux qu'elle croise et se glisse partout. Très vite, elle devient impossible à arrêter. Meg et Brian, deux jeunes adultes vont tenter de survivre.