Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...

Reed Richards, un éminent scientifique, embarque avec lui son équipe pour un voyage dans l'espace dont ils reviendront changés à jamais. Leur structure moléculaire modifiée, Reed, Sue, Ben et Johnny vont désormais bénéficier de supers pouvoirs qu'ils vont mettre à profit pour protéger notre planète des menaces extérieures. Et justement, en voilà une, et une grosse. Galactus le dévoreur de planètes a jeté son dévolu sur la planète bleue...

Peter Quill, alias Starlord, est encore sous le choc de la perte de Gamora et sombre peu à peu. Son équipe tente de le garder hors de l'eau mais en vain. Mais un évènement inattendu va se produire et le forcer à sortir de sa torpeur. Rocket a besoin de lui et des gardiens. L'équipe va se lancer dans une épopée épique pour défendre l'univers et sauver Rocket.