Après avoir perdu l'amour de sa vie, James Sunderland reçoit une mystérieuse lettre semblant provenir de celle qu'il croyait disparue. Intrigué, il retourne à Silent Hill, une ville autrefois familière mais désormais plongée dans un cauchemar brumeux. Au fil de ses recherches, il découvre des rues désertes, des créatures monstrueuses et des personnages énigmatiques. Confronté à ses peurs les plus profondes, James s'enfonce dans une réalité de plus en plus troublante où passé et présent se confondent. Chaque rencontre le rapproche d'une vérité terrifiante qui menace sa raison.

Victor Fielding a fait un choix monstrueux lors d'un séisme qui a couté la vie à sa femme en Haïti: sauver son enfant. 13 ans plus tard, sa fille Angela devient amie avec Katherine et suite à une balade dans les bois, disparait avec elle pendant 72 heures. A leur retour, elles ne se souviennent plus de rien et quelque chose semble avoir changé en elles. Victor, désespéré, fait alors appel à la seule personne encore en vie ayant connu pareils phénomènes...

Nathan Caine est un employé de banque presque normal. Presque car il est atteint d'une affection génétique rare qui lui confère une insensibilité totale à la douleur. Une de ses collègues s'intéresse à lui et fini par passer la nuit avec lui. Enfin amoureux, Nathan démarre une nouvelle journée au bureau avec le sourire jusqu'à ce qu'une bande de braqueurs attaquent la banque en prenant soin de faire de sa bien aimée une otage...