Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Sally, enfant renfermée, vient vivre avec son père et sa nouvelle compagne, Kim. Ils habitent une immense demeure du 19e siècle, qu'ils ont décidé de restaurer. En se promenant dans les jardins, la petite fille va découvrir une pièce cachée remplie de mystères et sans le vouloir va libérer une menace enfermée depuis des années dans le coeur de la maison. Des créatures de l'ombre très anciennes vont la pourchasser dans chaque recoin sombre de la bâtisse afin d'essayer de l'emporter avec eux au coeur des ténèbres...

Jonas Taylor est toujours aussi impliqué dans la lutte contre la pollution. Il retourne dans la fosse des Mariannes avec le frêre de Suyin afin de découvrir de nouveaux Mégalodons (entre autres bestioles).Ils vont malheureusement croiser la route d'une exploitation minière illégale qui, au détour d'une explosion, va libérer la colère de toute une faune plutôt hostile au projet (et aux humains)...