Réputé meilleur pilote de chasse de la marine Américaine pendant plus de trente ans, Pete "Maverick" Mitchell repousse toujours plus loin ses limites en devenant pilote d'essai. Il refuse les promotions qui l'obligeraient à renoncer au vol mais accepte de former un détachement de jeunes pilotes diplômés pour une mission spéciale qu'aucun autre pilote n'aurait pu imaginer. L'un d'entre eux est "Rooster", le fils de son ami disparu, "Goose".

Finnegan est un taxi un peu particulier. Pour peu qu'on le paye bien, il peut emmener dans son embarcation a peu près n'importe qui pour n'importe ou. Cette fois, il doit déposer un commando aux abords d'un paquebot de luxe, l'Argonautica, afin d'en prendre le contrôle. Mais lorsqu'ils arrivent sur place, ils découvrent qu'une bonne partie des passagers ont été massacrés...

Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...