Franck Castle effectue sa dernière mission en tant qu'agent infiltré mais elle tourne mal et fait plusieurs morts dont le fils d'un patron de la pègre très dangereux. Celui-ci se venge et fait massacrer Franck et toute sa famille. Par une chance inouïe, l'agent d'élite est le seul à s'en sortir. Une fois remis sur pieds, il décide de libérer sa colère et de réduire à néant l'empire de l'homme qui lui a tout pris, Howard Saint.

La ville de New-York est secouée par des crimes atroces. Durant une autopsie, un bien étrange personnage tente de voler leurs membres aux cadavres. Surpris en plein méfait, il se défenestre. L'enquête conduit rapidement vers une petite île dirigée par un savant fou se livrant à des expériences effroyables: il fait revivre les morts...

Sa mise à prix ne cessant d'augmenter, John Wick combat les plus grands représentants de la grande table afin d'assouvir sa vengeance et de racheter sa liberté. Sa traque va le mettre sur le chemin d'un de ses plus dangereux chef, le marquis Vincent de Gramont. Baba Yaga va tout faire pour faire tomber sa tête et ébranler les fondations de cette tentaculaire organisation.