Centre de Londres, la fête bat son plein quand Kate, fatiguée, décide de partir. Dans l'impossibilité de trouver un taxi, elle se décide à prendre le dernier métro. Assommée par l'alcool, elle s'assoupit et se retrouve enfermée dans la station déserte. Un train arrive, elle monte à bord. Totalement seule, elle panique lorsque toutes les lumières s'éteignent et qu'une silhouette semble s'être glissée dans la rame...

Finnegan est un taxi un peu particulier. Pour peu qu'on le paye bien, il peut emmener dans son embarcation a peu près n'importe qui pour n'importe ou. Cette fois, il doit déposer un commando aux abords d'un paquebot de luxe, l'Argonautica, afin d'en prendre le contrôle. Mais lorsqu'ils arrivent sur place, ils découvrent qu'une bonne partie des passagers ont été massacrés...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...