Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Une jeune mannequin en vogue est enlevée lors d'une soirée dans une boite de nuit. Elle se réveille captive, dans une sorte de cave, à la merci d'un mystérieux psychopathe semblant vouloir garder le contrôle absolu sur elle. Peu à peu, elle se rend compte qu'elle n'est pas seule et qu'un autre homme a également été enlevé. Ils vont tout tenter pour échapper à leur dangereux ravisseur...

Le duo infernal Eddie/Venom est en cavale. Pourchassé par les humains et désormais par une espèce tout droit venue du monde du Symbiote, ils décident de rentrer à New-York pour essayer de faire éclater la vérité au sujet d'Eddie, accusé en prime de meurtre. Knull, créateur des Symbiotes, va alors déchainer ses créatures pour remettre la main sur Venom, qui disposerait de la clé pour le libérer de sa prison...