Franck Castle effectue sa dernière mission en tant qu'agent infiltré mais elle tourne mal et fait plusieurs morts dont le fils d'un patron de la pègre très dangereux. Celui-ci se venge et fait massacrer Franck et toute sa famille. Par une chance inouïe, l'agent d'élite est le seul à s'en sortir. Une fois remis sur pieds, il décide de libérer sa colère et de réduire à néant l'empire de l'homme qui lui a tout pris, Howard Saint.

Alors qu'on le pensait noyé au fond du lac de Crystal Lake, Jason, le fils de Pamela Voorhees, revient afin de se venger du sort réservé à sa très chère mère. Après s'être occupé de la seule survivante de la première tuerie, il massacre un par un les campeurs s'aventurant sur son domaine..

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.