Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Une bande d'adolescents d'une colonie de vacances, remontés contre l'un de leur moniteur, Cropsy. Ils décident de lui coller une bonne frousse. Mais la blague tourne à l'accident, un incendie se déclare et Cropsy est brûlé sur tout le corps. 5 ans plus tard, il a survécu à ses blessures mais n'a pas oublié toute la souffrance qu'il a enduré. Il va retourner au camp et leur infliger une punition qu'ils ne sont pas prêts d'oublier.

Le lieutenant Kate Sinclair, pilote de la Royal Air Force, est abattu en opération au-dessus de l'Afghanistan. Après un échange de tirs qui mènera à la mort de son coéquipier, elle trouve refuge dans un Bunker souterrain situé à proximité de la zone de combat. Elle va alors réveiller des armes biologiques mortelles, mi-humaines, mi-aliens, qui n'auront de cesse de la traquer...