Victor Fielding a fait un choix monstrueux lors d'un séisme qui a couté la vie à sa femme en Haïti: sauver son enfant. 13 ans plus tard, sa fille Angela devient amie avec Katherine et suite à une balade dans les bois, disparait avec elle pendant 72 heures. A leur retour, elles ne se souviennent plus de rien et quelque chose semble avoir changé en elles. Victor, désespéré, fait alors appel à la seule personne encore en vie ayant connu pareils phénomènes...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Bien des années après "l'Enlèvement" de la fin des temps, les survivants doivent cohabiter avec d'étranges créatures brûlées avides de chair fraiche. Azrael et son compagnon Kenan sont chassés d'une secte considérant les paroles comme un péché en se coupant les cordes vocales. Joséphine, la cheffe de la secte, lance ses apôtres à leur poursuite et finit par les capturer. Elle décide de sacrifier Azrael aux brûlés mais elle parvient à s'échapper. Une impitoyable chasse à l'homme va alors démarrer entre la jeune femme et les cultistes, bien décidés à terminer leur rituel.