Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Franck Castle effectue sa dernière mission en tant qu'agent infiltré mais elle tourne mal et fait plusieurs morts dont le fils d'un patron de la pègre très dangereux. Celui-ci se venge et fait massacrer Franck et toute sa famille. Par une chance inouïe, l'agent d'élite est le seul à s'en sortir. Une fois remis sur pieds, il décide de libérer sa colère et de réduire à néant l'empire de l'homme qui lui a tout pris, Howard Saint.

Tout juste sortie de prison, Asia Reaves se met à la recherche de sa jeune sœur, abandonnée à son triste sort lors d'une altercation avec leur père violent. Sa quête la mène à un bien curieux bâtiment nommé le Virgil dans lequel elle se fait recruter comme domestique. Véritable repaire de gens fortunés, son arrivée va déclencher une folie meurtrière de tous les instants. Asia devient une proie que les habitants doivent sacrifier dans la nuit pour rassasier un démon qu'ils vénèrent.