Lilith est une hors-la-loi, une chasseuse de primes au passé mystérieux. Sa nouvelle mission est de retourner sur sa dangereuse planète natale, Pandore, afin de retrouver la fille du plus puissant personnage de l'univers. Elle va, au gré des événements, former une alliance avec une drôle d'équipe pour affronter de terribles épreuves. Le destin de l'univers pourrait être entre leurs mains.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Des prisonniers de haute sécurité vont être transférés dans une autre prison. Afin d'éviter l'attaque du bus assurant le transport, les autorités décident de prendre un itinéraire peu connu, contournant une immense forêt. Mais un chasseur bien particulier va les prendre pour cible et après avoir immobilisé le véhicule va les attirer dans son antre à l'aide de pièges cauchemardesques. Leur seul moyen de s'en sortir va être de s'allier s'ils ne veulent pas finir dans le garde manger du monstre...