A peine sorti de prison, Lino est bien déterminé à retrouver Areski et à se venger. Ce dernier est forcé de quitter sa planque en Allemagne et décide de rentrer en France pour faire tomber le commandant Resz, le cerveau d'un réseau de policiers corrompus par le trafic de drogue. Lino fini par retrouver la trace d'Areski et se lance à sa poursuite mais va devoir également démanteler le même réseau criminel à l'origine de tous ses déboires.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

A Shadyside dans l'Ohio, le bal de fin d'année est une véritable institution. Chaque année les filles les plus populaires se lancent à la conquête de la couronne de reine du bal. Lori Granger aimerait remporter cette victoire sur les autres et sur elle-même, mais elle souffre d'une réputation désastreuse liée à son terrifiant passé. Peu à peu, des gens autour d'elle commencent à disparaitre...