Un groupe de mineurs est forcé d'emmener avec eux un curieux professeur pour effectuer des prélèvements sous terre. Un éboulement les empêchant de remonter, ils découvrent une crypte contenant un mystérieux tombeau. Ce qu'ils vont libérer va alors les poursuivre inlassablement, bien décidé à les faire souffrir.

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Mike Lowrey et Marcus Burnett, équipiers inséparables, tentent de laver l'honneur de leur défunt capitaine de Police. Ils vont se retrouver aux prises avec un dangereux agent véreux, James McGrath, qui va tout faire pour les éliminer. Heureusement, les Bad Boys c'est pour la vie; et il va falloir lutter pour la conserver.