Jess est la maman d'un enfant autiste. Afin d'essayer de respirer, elle fait garder son enfant et part pour une virée en mer avec des amis. Pris dans une tempête, leur embarcation coule et ils trouvent refuge sur un immense bateau passant par là. Ils vont bien vite se rendre compte que celui-ci est désert et semble coincé entre plusieurs dimensions... Jess va comprendre que la tempête qu'ils viennent d'essuyer n'était rien en rapport avec celle frappant ce terrifiant navire fantomatique...

Après avoir perdu l'amour de sa vie, James Sunderland reçoit une mystérieuse lettre semblant provenir de celle qu'il croyait disparue. Intrigué, il retourne à Silent Hill, une ville autrefois familière mais désormais plongée dans un cauchemar brumeux. Au fil de ses recherches, il découvre des rues désertes, des créatures monstrueuses et des personnages énigmatiques. Confronté à ses peurs les plus profondes, James s'enfonce dans une réalité de plus en plus troublante où passé et présent se confondent. Chaque rencontre le rapproche d'une vérité terrifiante qui menace sa raison.

Un gouverneur des Etats-Unis fait passer en force un décret permettant de faire arrêter tous les enfants d'immigrants sans papiers. Les jeunes se voient alors offrir la possibilité d'être volontaires pour intégrer un programme dans un institut privé. Leur mission sera de s'occuper de leurs aînés malades. Mais rapidement, un petit groupe va se rendre compte que quelque chose ne tourne pas rond dans le centre...