Bien des années après "l'Enlèvement" de la fin des temps, les survivants doivent cohabiter avec d'étranges créatures brûlées avides de chair fraiche. Azrael et son compagnon Kenan sont chassés d'une secte considérant les paroles comme un péché en se coupant les cordes vocales. Joséphine, la cheffe de la secte, lance ses apôtres à leur poursuite et finit par les capturer. Elle décide de sacrifier Azrael aux brûlés mais elle parvient à s'échapper. Une impitoyable chasse à l'homme va alors démarrer entre la jeune femme et les cultistes, bien décidés à terminer leur rituel.

Laissés livrés à eux mêmes après la disparition de leurs parents, Chloe et T.J. tentent de survivre avec le peu de moyens dont ils disposent. Après une tentative de vol qui a mal tourné, Chloe va devoir sauver son frère en s'introduisant dans une morgue contenant un cadavre qui pourrait le compromettre. Seul moyen d'y arriver, se faire passer pour un cadavre...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...