Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...

Jess est la maman d'un enfant autiste. Afin d'essayer de respirer, elle fait garder son enfant et part pour une virée en mer avec des amis. Pris dans une tempête, leur embarcation coule et ils trouvent refuge sur un immense bateau passant par là. Ils vont bien vite se rendre compte que celui-ci est désert et semble coincé entre plusieurs dimensions... Jess va comprendre que la tempête qu'ils viennent d'essuyer n'était rien en rapport avec celle frappant ce terrifiant navire fantomatique...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...