Après avoir perdu l'amour de sa vie, James Sunderland reçoit une mystérieuse lettre semblant provenir de celle qu'il croyait disparue. Intrigué, il retourne à Silent Hill, une ville autrefois familière mais désormais plongée dans un cauchemar brumeux. Au fil de ses recherches, il découvre des rues désertes, des créatures monstrueuses et des personnages énigmatiques. Confronté à ses peurs les plus profondes, James s'enfonce dans une réalité de plus en plus troublante où passé et présent se confondent. Chaque rencontre le rapproche d'une vérité terrifiante qui menace sa raison.

Laissé pour mort à la fin du premier opus, le tueur à la caméra surnommé "Chromeskull" est pris en charge par un étrange commando qui va petit à petit le remettre sur pieds. Après de multiples opérations, son désir de vengeance et sa colère sont décuplés et il compte bien se servir de son organisation secrète pour revenir sur le devant de la scène...

Sophia, une brillante scientifique spécialiste des requins, a décroché depuis qu'elle a perdu toute son équipe lors d'une attaque terrible de Lilith, un spécimen très particulier. Mais quelques temps plus tard, une autre équipe de scientifiques découvrent que la balise placée sur ce requin est de nouveau détectée... dans la Seine à Paris...