Un homme est tué à Hawaï juste après avoir expédié un mystérieux colis. Johnny et James, ses deux fils et demi-frères, sont brouillés depuis de nombreuses années mais sont prévenus de sa disparition. L'un est un policier irresponsable et totalement incontrôlable et l'autre un Navy Seals ultradiscipliné. Contraints et forcés, ils vont devoir mettre leurs griefs et leurs différences de côté afin d'enquêter sur la disparition de leur père et percer au grand jour une sombre affaire de corruption.

La ville de New-York est secouée par des crimes atroces. Durant une autopsie, un bien étrange personnage tente de voler leurs membres aux cadavres. Surpris en plein méfait, il se défenestre. L'enquête conduit rapidement vers une petite île dirigée par un savant fou se livrant à des expériences effroyables: il fait revivre les morts...

Après les événements sanglants du précédent opus, le terrifiant Jason Vorhees est emmené à la morgue du coin. Pas tout à fait mort, il parvient à s'en échapper et retourne au camp de Crystal Lake. Trish, Tommy et leur maman arrivent dans leur maison de vacances tout près de là et font connaissance avec une bande de jeunes venus faire la fête le temps d'un week-end... Mais Jason ne l'entends pas de cette oreille..