Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Une jeune garde-chasse Amérindienne capture un braconnier alors qu'il transporte une mallette remplie de billets. Celui-ci l'aurait trouvée au beau milieu d'un lac gelée, lieu du crash d'un petit avion de tourisme chargé de beaucoup d'autres mallettes de même nature. Les propriétaires de cet argent ne semblent pas décidés à l'abandonner et décident de venir le chercher en chassant nos deux protagonistes, seuls à connaitre l'emplacement de l'avion...

Jonas Taylor est toujours aussi impliqué dans la lutte contre la pollution. Il retourne dans la fosse des Mariannes avec le frêre de Suyin afin de découvrir de nouveaux Mégalodons (entre autres bestioles).Ils vont malheureusement croiser la route d'une exploitation minière illégale qui, au détour d'une explosion, va libérer la colère de toute une faune plutôt hostile au projet (et aux humains)...