Après les événements sanglants du précédent opus, le terrifiant Jason Vorhees est emmené à la morgue du coin. Pas tout à fait mort, il parvient à s'en échapper et retourne au camp de Crystal Lake. Trish, Tommy et leur maman arrivent dans leur maison de vacances tout près de là et font connaissance avec une bande de jeunes venus faire la fête le temps d'un week-end... Mais Jason ne l'entends pas de cette oreille..

Etudiant dans une académie militaire, Stanley Coopersmith devient le souffre-douleur de ses camarades et de ses professeurs. Obligé de nettoyer les sous-sols de la chapelle, il y découvre un vieux manuscrit ayant appartenu à Esteban, un sorcier adorateur du diable ayant sévi pendant l'inquisition. A l'aide d'un ordinateur, il va peu à peu décrypter le message permettant de mener la messe noire à bien et de faire revenir Esteban dans l'espoir de se venger.

Martin Krebs, à la tête d'une immense multinationale, fait une découverte majeure qui pourrait sauver des millions de vies. Pour mettre en place son protocole, il doit synthétiser l'ADN de trois espèces de dinosaures en activité. Il va charger le Dr Henry Loomis d'aller extraire ces échantillons sur les animaux vivants, escorté par une équipe de mercenaires qualifiés. Mais tout ne va pas se passer comme prévu...