Durant une prise d'otage et après une négociation qui échoue, la police de Los Angeles n'a d'autre choix que d'appeler le lieutenant Marion Cobretti, alias "Cobra", spécialisé dans les actions coup de poing. Celui-ci a la fâcheuse tendance de tirer avant de négocier, au grand dam de ses supérieurs qui n'arrivent plus à le gérer. La violence pour soigner la violence, telle est sa devise.

Victor Fielding a fait un choix monstrueux lors d'un séisme qui a couté la vie à sa femme en Haïti: sauver son enfant. 13 ans plus tard, sa fille Angela devient amie avec Katherine et suite à une balade dans les bois, disparait avec elle pendant 72 heures. A leur retour, elles ne se souviennent plus de rien et quelque chose semble avoir changé en elles. Victor, désespéré, fait alors appel à la seule personne encore en vie ayant connu pareils phénomènes...

Mike Lowrey et Marcus Burnett, équipiers inséparables, tentent de laver l'honneur de leur défunt capitaine de Police. Ils vont se retrouver aux prises avec un dangereux agent véreux, James McGrath, qui va tout faire pour les éliminer. Heureusement, les Bad Boys c'est pour la vie; et il va falloir lutter pour la conserver.