Laissés livrés à eux mêmes après la disparition de leurs parents, Chloe et T.J. tentent de survivre avec le peu de moyens dont ils disposent. Après une tentative de vol qui a mal tourné, Chloe va devoir sauver son frère en s'introduisant dans une morgue contenant un cadavre qui pourrait le compromettre. Seul moyen d'y arriver, se faire passer pour un cadavre...

A la suite du décès de leur mère, Sergei Kravinoff et son demi-frère Dmitri sont récupérés par leur père, bien décidé à leur faire prendre les commandes de son empire du crime. Lors d'un voyage de chasse en Afrique, Sergei est attaqué par un légendaire Lion sauvage qui le blessera mortellement. Calypso, une jeune fille adepte du Vaudou le trouve et lui administre une de ses potions qui le ramènera à la vie. Un grand pouvoir va alors lui être confié...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.