Etudiant dans une académie militaire, Stanley Coopersmith devient le souffre-douleur de ses camarades et de ses professeurs. Obligé de nettoyer les sous-sols de la chapelle, il y découvre un vieux manuscrit ayant appartenu à Esteban, un sorcier adorateur du diable ayant sévi pendant l'inquisition. A l'aide d'un ordinateur, il va peu à peu décrypter le message permettant de mener la messe noire à bien et de faire revenir Esteban dans l'espoir de se venger.

Lors d’une randonnée en pleine nature, Macy et son compagnon Chase croisent une inquiétante créature portant un masque de poupée. Alors que Chase est violemment agressé, Macy est enlevée et conduite dans une maison isolée au cœur de la forêt. Sa ravisseuse, une femme monstrueuse obsédée par les poupées, entend faire de la jeune femme son nouvel « enfant ».

Ethan Hunt et son équipe du FMI (pas le Fond Monétaire International, l'autre...) reprennent du service pour traquer une arme terrifiante qui menace l'humanité toute entière. "L'entité" contrôle nos réseaux, notre présent et devine notre futur ceci afin de prendre l'ascendant et créer un nouvel ordre mondial. Mission Impossible va relever le plus grand défi de son existence.