Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Bien des années après "l'Enlèvement" de la fin des temps, les survivants doivent cohabiter avec d'étranges créatures brûlées avides de chair fraiche. Azrael et son compagnon Kenan sont chassés d'une secte considérant les paroles comme un péché en se coupant les cordes vocales. Joséphine, la cheffe de la secte, lance ses apôtres à leur poursuite et finit par les capturer. Elle décide de sacrifier Azrael aux brûlés mais elle parvient à s'échapper. Une impitoyable chasse à l'homme va alors démarrer entre la jeune femme et les cultistes, bien décidés à terminer leur rituel.

Une jeune garde-chasse Amérindienne capture un braconnier alors qu'il transporte une mallette remplie de billets. Celui-ci l'aurait trouvée au beau milieu d'un lac gelée, lieu du crash d'un petit avion de tourisme chargé de beaucoup d'autres mallettes de même nature. Les propriétaires de cet argent ne semblent pas décidés à l'abandonner et décident de venir le chercher en chassant nos deux protagonistes, seuls à connaitre l'emplacement de l'avion...