Cinq ans après l’impact d’une comète qui a ravagé la Terre, la famille Garrity vit toujours à l’abri dans un bunker au Groenland.Mais lorsque leur refuge devient à son tour inhabitable, John, Allison et leur fils Nathan sont contraints de reprendre la route. Dans une Europe dévastée, où les séquelles de la catastrophe rendent chaque déplacement périlleux, ils partent à la recherche d’un nouveau foyer.

La ville de New-York est secouée par des crimes atroces. Durant une autopsie, un bien étrange personnage tente de voler leurs membres aux cadavres. Surpris en plein méfait, il se défenestre. L'enquête conduit rapidement vers une petite île dirigée par un savant fou se livrant à des expériences effroyables: il fait revivre les morts...

Sa mise à prix ne cessant d'augmenter, John Wick combat les plus grands représentants de la grande table afin d'assouvir sa vengeance et de racheter sa liberté. Sa traque va le mettre sur le chemin d'un de ses plus dangereux chef, le marquis Vincent de Gramont. Baba Yaga va tout faire pour faire tomber sa tête et ébranler les fondations de cette tentaculaire organisation.