Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Lors d'une patrouille de routine, l'officier Daniel Carter trouve un jeune homme blessé sur le bord de la route. Couvert de sang, celui-ci semble sérieusement avoir besoin de soins; Carter le conduit donc à l’hôpital. Peu après son arrivée, le personnel du centre commence à se transformer en créatures monstrueuses. L'officier va prendre la tête d'un groupe de rescapés et tenter de survivre à une nuit qui s'annonce cauchemardesque.

Nous sommes en 2077. J'ai beau essayé de me souvenir de ce qu'était la terre avant, je n'y arrive pas.. Tout ce que je sais c'est que depuis cette fameuse attaque, tout a changé. Nous, Vika et moi, sommes restés afin d'assurer la sécurité des dernières ressources nécessaires à la survie des nôtres, transférés dans une colonie à des milliers de kilomètres. Heureusement, c'est bientôt notre tour; dans moins de deux semaines nous pourrons enfin les rejoindre.. et tout recommencer.