Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.

Martin Krebs, à la tête d'une immense multinationale, fait une découverte majeure qui pourrait sauver des millions de vies. Pour mettre en place son protocole, il doit synthétiser l'ADN de trois espèces de dinosaures en activité. Il va charger le Dr Henry Loomis d'aller extraire ces échantillons sur les animaux vivants, escorté par une équipe de mercenaires qualifiés. Mais tout ne va pas se passer comme prévu...

Août 1973, cinq jeunes amis traversent le Texas en van par une chaleur écrasante. Menacés par un auto-stoppeur dérangé qu'ils avaient embarqué peu de temps avant, ils parviennent à le faire fuir mais sont obligés de s'arrêter pour faire le plein de leur véhicule. Au détour d'un chemin, ils découvrent une vieille bâtisse qui va vite devenir le lieu de leurs pires cauchemars...