Réputé meilleur pilote de chasse de la marine Américaine pendant plus de trente ans, Pete "Maverick" Mitchell repousse toujours plus loin ses limites en devenant pilote d'essai. Il refuse les promotions qui l'obligeraient à renoncer au vol mais accepte de former un détachement de jeunes pilotes diplômés pour une mission spéciale qu'aucun autre pilote n'aurait pu imaginer. L'un d'entre eux est "Rooster", le fils de son ami disparu, "Goose".

Les étudiants de l'université de Pendleton suivent un cycle sur les légendes urbaines lorsqu'un tueur commence à les reproduire sur le campus. La jeune Nathalie, survivante d'une des attaques du tueur, tente de donner l'alerte mais personne ne semble la croire. Seul Paul, travaillant pour le journal universitaire, prend ses propos au sérieux et enquête sur l'identité du tueur..

Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.