Ellie reçoit la visite de sa soeur Beth, de retour d'un voyage. Elle est depuis peu séparée de son mari et traverse une douloureuse mauvaise passe. Un tremblement de terre éventre le parking de son vieil immeuble et met à jour un curieux livre que le fils d'Ellie récupère. Sans le savoir il va libérer un démon terrifiant qui va les mettre face à leurs plus terribles cauchemars.

Durant une prise d'otage et après une négociation qui échoue, la police de Los Angeles n'a d'autre choix que d'appeler le lieutenant Marion Cobretti, alias "Cobra", spécialisé dans les actions coup de poing. Celui-ci a la fâcheuse tendance de tirer avant de négocier, au grand dam de ses supérieurs qui n'arrivent plus à le gérer. La violence pour soigner la violence, telle est sa devise.

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...