Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...

Un gouverneur des Etats-Unis fait passer en force un décret permettant de faire arrêter tous les enfants d'immigrants sans papiers. Les jeunes se voient alors offrir la possibilité d'être volontaires pour intégrer un programme dans un institut privé. Leur mission sera de s'occuper de leurs aînés malades. Mais rapidement, un petit groupe va se rendre compte que quelque chose ne tourne pas rond dans le centre...

Les humains sont empêtrés dans une guerre contre l'Intelligence Artificielle qu'ils ont eux-même fait naitre. Joshua, ancien soldat d'élite ayant perdu toute sa famille lors d'un raid, est affecté à une mission destinée à détruire un élément essentiel des résistants de l'IA. Une arme potentiellement très dangereuse, capable de renverser le cours de la guerre...