Un incident sur une structure nucléaire rends malade les enfants d'une petite bourgade Américaine. Leurs doigts deviennent noirs et ils se transforment en de dangereux "Zombies" qui brûlent tout ce qu'ils touchent de leurs mains. Seul moyen de les arrêter... leur couper.

Un groupe de lycéens découvre un ancien sifflet de mort aztèque caché dans leur établissement. En soufflant dans cet objet maudit, ils libèrent une force surnaturelle qui révèle leurs morts futures. Traqués par les visions terrifiantes invoquées par le sifflet, les adolescents tentent d’échapper à leur destin. Alors que les victimes se multiplient, ils cherchent un moyen de briser la malédiction avant qu’il ne soit trop tard et que leur mort finisse réellement par les rattraper un par un.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.