Tout juste sortie de prison, Asia Reaves se met à la recherche de sa jeune sœur, abandonnée à son triste sort lors d'une altercation avec leur père violent. Sa quête la mène à un bien curieux bâtiment nommé le Virgil dans lequel elle se fait recruter comme domestique. Véritable repaire de gens fortunés, son arrivée va déclencher une folie meurtrière de tous les instants. Asia devient une proie que les habitants doivent sacrifier dans la nuit pour rassasier un démon qu'ils vénèrent.

A la suite du décès de leur mère, Sergei Kravinoff et son demi-frère Dmitri sont récupérés par leur père, bien décidé à leur faire prendre les commandes de son empire du crime. Lors d'un voyage de chasse en Afrique, Sergei est attaqué par un légendaire Lion sauvage qui le blessera mortellement. Calypso, une jeune fille adepte du Vaudou le trouve et lui administre une de ses potions qui le ramènera à la vie. Un grand pouvoir va alors lui être confié...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.