Une jeune garde-chasse Amérindienne capture un braconnier alors qu'il transporte une mallette remplie de billets. Celui-ci l'aurait trouvée au beau milieu d'un lac gelée, lieu du crash d'un petit avion de tourisme chargé de beaucoup d'autres mallettes de même nature. Les propriétaires de cet argent ne semblent pas décidés à l'abandonner et décident de venir le chercher en chassant nos deux protagonistes, seuls à connaitre l'emplacement de l'avion...

Laissé pour mort à la fin du premier opus, le tueur à la caméra surnommé "Chromeskull" est pris en charge par un étrange commando qui va petit à petit le remettre sur pieds. Après de multiples opérations, son désir de vengeance et sa colère sont décuplés et il compte bien se servir de son organisation secrète pour revenir sur le devant de la scène...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.