Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

David et Tess sont séparés mais font tout pour tenter de préserver l'équilibre de leur fils Léo. Suite à une nuit agitée, David est contraint par son patron d'aller récupérer un mystérieux colis venu de l'autre bout du monde. Il va vite se rendre compte que ce "paquet" attire toutes les convoitises et contient en fait un petit animal très rare qui va s'employer à mettre la zizanie dans l'expédition.

Quaid est un étudiant en philosophie plutôt doué mais très perturbé. Il décide avec deux de ses camarades de démarrer une thèse sur les peurs les plus profondes de l'être humain. Cette étude va faire resurgir chez lui un traumatisme subit dans son enfance et peu à peu le faire basculer vers la folie...