Un bateau abandonné flottant au large du port de New-York est intercepté par les garde-côte. Après être montés à bord, ils sont brutalement attaqués par un homme en partie décomposé. La fille du propriétaire du bateau est interrogée et découvre que son père est parti s'installer sur une île tropicale, sans jamais revenir. Elle décide alors, aidée d'un journaliste, de se rendre sur les lieux afin de comprendre ce qui a pu lui arriver...

Orphelin depuis sa naissance, Ed retrouve la trace d'un frère jumeau qui lui annonce que sa mère le cherche depuis bien des années. Accompagné de Riley, sa petite amie, il décide d'aller à leur rencontre dans une magnifique région reculée du Portugal. Une fois les retrouvailles passées, un malaise commence insidieusement à s'installer. Cette nouvelle famille semble cacher un terrible secret qui va faire virer la situation au cauchemar.

Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.