Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Durant une prise d'otage et après une négociation qui échoue, la police de Los Angeles n'a d'autre choix que d'appeler le lieutenant Marion Cobretti, alias "Cobra", spécialisé dans les actions coup de poing. Celui-ci a la fâcheuse tendance de tirer avant de négocier, au grand dam de ses supérieurs qui n'arrivent plus à le gérer. La violence pour soigner la violence, telle est sa devise.

Lors d'une patrouille de routine, l'officier Daniel Carter trouve un jeune homme blessé sur le bord de la route. Couvert de sang, celui-ci semble sérieusement avoir besoin de soins; Carter le conduit donc à l’hôpital. Peu après son arrivée, le personnel du centre commence à se transformer en créatures monstrueuses. L'officier va prendre la tête d'un groupe de rescapés et tenter de survivre à une nuit qui s'annonce cauchemardesque.