A la veille du débarquement durant la seconde guerre mondiale, deux soldats australiens débarquent sur une île afin de neutraliser des emplacements d'armes à feu allemandes. Ils y découvrent un bunker dans lequel a eu lieu un terrible massacre. Des nazis semblent avoir été littéralement démembrés par une chose affamée. Un officier nazi, seul rescapé de la tuerie, travaillait ici à l'élaboration d'une arme redoutable, capable de leur faire remporter la guerre; une arme surnaturelle: un démon sorti tout droit des enfers...

Réputé meilleur pilote de chasse de la marine Américaine pendant plus de trente ans, Pete "Maverick" Mitchell repousse toujours plus loin ses limites en devenant pilote d'essai. Il refuse les promotions qui l'obligeraient à renoncer au vol mais accepte de former un détachement de jeunes pilotes diplômés pour une mission spéciale qu'aucun autre pilote n'aurait pu imaginer. L'un d'entre eux est "Rooster", le fils de son ami disparu, "Goose".

Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.