Frank Carveth, alors en plein divorce, découvre des traces de coups sur le corps de sa petite fille Candice. Alors qu'il tente de contacter son ex-femme, internée dans un centre psychiatrique et isolée de tout, des meurtres atroces sont commis dans son entourage. Ils sont perpétrés par de petites personnes, certainement des enfants mais au visage monstrueux...

Sally, enfant renfermée, vient vivre avec son père et sa nouvelle compagne, Kim. Ils habitent une immense demeure du 19e siècle, qu'ils ont décidé de restaurer. En se promenant dans les jardins, la petite fille va découvrir une pièce cachée remplie de mystères et sans le vouloir va libérer une menace enfermée depuis des années dans le coeur de la maison. Des créatures de l'ombre très anciennes vont la pourchasser dans chaque recoin sombre de la bâtisse afin d'essayer de l'emporter avec eux au coeur des ténèbres...

Après les événements sanglants du précédent opus, le terrifiant Jason Vorhees est emmené à la morgue du coin. Pas tout à fait mort, il parvient à s'en échapper et retourne au camp de Crystal Lake. Trish, Tommy et leur maman arrivent dans leur maison de vacances tout près de là et font connaissance avec une bande de jeunes venus faire la fête le temps d'un week-end... Mais Jason ne l'entends pas de cette oreille..