Laissé pour mort à la fin du premier opus, le tueur à la caméra surnommé "Chromeskull" est pris en charge par un étrange commando qui va petit à petit le remettre sur pieds. Après de multiples opérations, son désir de vengeance et sa colère sont décuplés et il compte bien se servir de son organisation secrète pour revenir sur le devant de la scène...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

David et Tess sont séparés mais font tout pour tenter de préserver l'équilibre de leur fils Léo. Suite à une nuit agitée, David est contraint par son patron d'aller récupérer un mystérieux colis venu de l'autre bout du monde. Il va vite se rendre compte que ce "paquet" attire toutes les convoitises et contient en fait un petit animal très rare qui va s'employer à mettre la zizanie dans l'expédition.