Une course poursuite entre extra-terrestres se solde par le largage d'une étrange capsule dans l'espace. Celle-ci s'écrase sur notre planète dans une petite ville des Etats-Unis. Johnny et sa compagne, se promenant en forêt, vont la découvrir avant d'être éliminés. Des années plus tard, deux universitaires relèvent le défi de sortir un cadavre du laboratoire de leur campus et vont tomber sur celui de Johnny. Ce qu'ils vont réveiller va les entraîner dans un véritable cauchemar..

Kate et son équipe sont sur le point de tester une technologie qu'ils ont inventé pour neutraliser une tornade. Malheureusement, le test grandeur nature se solde par une véritable tragédie. 5 ans plus tard, Kate est de nouveau sollicitée pour participer à un programme de collecte de données 3D afin de lutter contre les tornades. Elle finit par accepter et va se retrouver de nouveau face à ses peurs...

Après avoir perdu l'amour de sa vie, James Sunderland reçoit une mystérieuse lettre semblant provenir de celle qu'il croyait disparue. Intrigué, il retourne à Silent Hill, une ville autrefois familière mais désormais plongée dans un cauchemar brumeux. Au fil de ses recherches, il découvre des rues désertes, des créatures monstrueuses et des personnages énigmatiques. Confronté à ses peurs les plus profondes, James s'enfonce dans une réalité de plus en plus troublante où passé et présent se confondent. Chaque rencontre le rapproche d'une vérité terrifiante qui menace sa raison.