Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.

Lors d'une patrouille de routine, l'officier Daniel Carter trouve un jeune homme blessé sur le bord de la route. Couvert de sang, celui-ci semble sérieusement avoir besoin de soins; Carter le conduit donc à l’hôpital. Peu après son arrivée, le personnel du centre commence à se transformer en créatures monstrueuses. L'officier va prendre la tête d'un groupe de rescapés et tenter de survivre à une nuit qui s'annonce cauchemardesque.

Martin Krebs, à la tête d'une immense multinationale, fait une découverte majeure qui pourrait sauver des millions de vies. Pour mettre en place son protocole, il doit synthétiser l'ADN de trois espèces de dinosaures en activité. Il va charger le Dr Henry Loomis d'aller extraire ces échantillons sur les animaux vivants, escorté par une équipe de mercenaires qualifiés. Mais tout ne va pas se passer comme prévu...